J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 2935–2947,
Structural Survey of Zinc-Containing Proteins and
Development of the Zinc AMBER Force Field (ZAFF)
Martin B. Peters, Yue Yang, Bing Wang, La´szlo´ Fu¨sti-Molna´r, Michael N. Weaver,
and Kenneth M. Merz, Jr.*
MCPB program

物質

SrVO3, CaVO3 - Mott
FeSb2, FeAs2, CoSb2 - スクッテルダイトスクッテルダイトTX3 (T:遷移金属Co、Feなど、X:プニクトゲンP , As , Sb) - 熱電
- high Tc cuprate
alpha-,beta-,NaCoOn  - 熱電、CO phase
NaxCoO2
β-Ag0.33V2O5 and (b) β-Na0.33V2O5
スピネル
FeO、Fe3O4、Fe2O3
LiCoO2　LiMn2O4 Li電極
Al2O3, HfO2, ZrO2, Ta2O5, La2O3、TiSi2、Ta2O5、TiN - ゲート構造

dirac coneの出現条件関連

J. von Neumann and E.P. Wigner,  Phys. Z. 30 467 (1929)
 E Teller, J. Phys.Chem.41 (1937) 109
M.V. Berry and M. Wilkinson , Proc. R. Soc. Lond. A 392 (1984) 15

delta-SCF, Δ-SCF

通常のDFTの解に対して、occupied stateに穴を開けてSCFを実行する。

CP2K、XAS core level

Inner-shell spectroscopy by the Gaussian and augmented plane wave method

Marcella Iannuzzi and Jürg Hutter 

Phys. Chem. Chem. Phys., 2007, 9, 1599-1610
DOI: 10.1039/B615522G 

A method for inner-shell spectroscopy simulations based on all-electron GAPW is presented. Accuracy and efficiency are discussed for molecular and condensed matter systems.

対義語

http://www.mrsano.jp/CL051.htm
http://www17.ocn.ne.jp/~inotec/kanji/kanji2/kanji2-taigi.html

B3LYP*

J. Chem. Phys. 117, 4729 (2002); doi:10.1063/1.1493179 (9 pages)

Assertion and validation of the performance of theB3LYP^⋆ functional for the first transition metal row and the G2 test set

Oliver Salomon, Markus Reiher, and Bernd Artur Hess


Feのhigh,low spinのenergy差を補正するためにexact exchangeを足す項c3を0.20->0.15にしたB3LYP。
exact exchange成分が多いとexchange splittingの大きさに悪影響と書いてある。
簡単な分子のenergy比較はしてあるが、もっとも大事な遷移金属のspin stateに関するenergyの比較がなされていない。遷移金属に関してはpi-cationのmagnetic momentとbond length。

Maximally localized Wannier functions for GW quasiparticles

PHYSICAL REVIEW B 79, 045109 2009
Hamman, Vanderbilt

fast water

translation, rotationが速い水

Ni-Fe, molecular channel

Martin J Fieldの話から
H2 <-> 2H+ + e-
Ni-Fe hydrogenase
Molecular channel
proton channels or pathways

Gas access to the active site of Ni-Fe hydrogenases probed by X-ray crystallography and molecular dynamics
Yael Montet, et al., Nature Structural & Molecular Biology 4, 523 - 526 (1997)

論文が取れない。

pdynamo, fdynamo, Martin J. Field

http://www.pdynamo.org/mainpages/

論文もそこにlinkされている。

PSII, Mn4Ca clustdr, X-ray damage

Cyanobacterial photosystem II at 2.9-A resolution and the role of quinones, lipids, channels and chloride

Albert Guskov, et al., Nature Structural & Molecular Biology 16, 334 - 342 (2009) 

X-ray damage to the Mn4Ca complex in single crystals of photosystem II: A case study for metalloprotein crystallography,

Junko Yano, et al., PNAS August 23, 2005 vol. 102 no. 34 12047-12052

Origin and temperature dependence of radiation damage in biological samples at cryogenic temperatures

Alke Meents, et al., PNAS 2010 107 (3) 1094-1099

FT-IR,
Y.  Shimada et al. Biochemistry 48, 6095, 2009.
M. A. Strickler, Philos. Trans. R. Soc. London, Ser. B, 363, 1179, 2009.

The MoD-QM/MM methodology for structural refinement of photosystem II and other biological macromolecules

Eduardo M. Sproviero, Michael B. Newcomer, Jose A. Gascon, Enrique R. Batista and Gary W. Brudvig, et , photosynth res. 201, 455 (2009).

Structure of the oxygen-evolving complex of photosystem II: information on the S2 state through quantum chemical calculation of its magnetic properties

Dimitrios A. Pantazis, Maylis Orio, Taras Petrenko, Samir Zein, Wolfgang Lubitz, Johannes Messinger and Frank Neese 

Phys. Chem. Chem. Phys., 2009, 11, 6788-6798 

P450 review

Theoretical Perspective on the Structure and Mechanism of Cytochrome P450 Enzymes

Sason Shaik, et al., Chem. Rev., 2005, 105 (6), pp 2279?2328

Density Functional Studies on Isomerization of Prostaglandin?H2 to Prostacyclin Catalyzed by Cytochrome P450

Tetsuya K. Yanai,  Seiji Mori Prof. Dr., 

Chemistry-A European Journal

Volume 15, Issue 17, pages 4464?4473, April 20, 2009

B3LYPはhigh spin stateを安定化しすぎるのでB3LYP*というのがあるらしい。

neutron, proton

Preliminary neutron and X-ray crystallographic studies of equine cyanomethemoglobin

1. A. Y. Kovalevsky

1. 
   

   Acta Crystallographica Section F

   Volume 66, Issue 4, pages 474-477, April 2010

1.6, 1.7A, protonを見た。

常圧下で実現されるLBHB

Paola Gilli, Valerio Bertolasi, Valeria Ferretti, and Gastone Gilli, JACS 116, 909 (1994).

Covalent Nature of the Strong Homonuclear Hydrogen Bond Study of the 0-H---0 System by Crystal Structure Correlation Methods

グロッタス機構

Grotthuss mechanismグロッタス機構
carboxylic acidカルボン酸

平衡状態を高速に求めるためのsampling手法

multiple time step, REPSA
mass scaling method, Feenstra, K. A.; Hess, B.; Berendsen, H. J. C. J Comput Chem 1999, 20, 786. 
Mass tensor molecular dynamics, Charles H. Bennett

multicanonical
metadynamics
umbrella sampling
steered MD
lambda-dynamics
Adiabatic free energy dynamics (AFED)
reference potential spatial warping algorithm (REPSWA)

photo reaction review, TiO2

Photocatalysis on TiO2 Surfaces: Principles, Mechanisms, and Selected Results, Amy L. Linsebigler, Guangquan. Lu, John T. Yates, hem. Rev., 1995, 95 (3), pp 735–758

交換バイアス

交換バイアスとは？
反強磁性と強磁性複合体でH-Mヒステリシスカーブのゼロ磁場Hがずれる現象。ある種の物質（スピン構造やドメイン構造による）を磁場下で冷却すると起こる。
また、ネール温度も上昇する。例えば、4nmコバルト粒子を反強磁性物質内にいれるとNeel温度が10K->290Kになる。（Nature 423 (6942), Jun 2003）


用途：強磁性物質の磁場方向のピン留めに用いる。これ(critical thickness)を薄くすることが微細化に重要。

以下は三俣（東北大学）先生のセミナーを聞いて理解したこと。

E=-HM cos t + K1 cos t - K2 cos^2 t

K1: 交換バイアスの大きさ。

起源： sum S .ne. 0 になる(界面の）spin frustration,

反強磁性のスピン配向は 3Q(triple Q), AF-I, TI等あるが、3Qはsingle domainでintrinsicに交換バイアスを起こすspin frustration構造を持っている。その他はmultidomain構造にするとspin frustrationを起こす構造になる。

domain wallの厚さ（AF磁壁の大きさ）はcritical thicknessに対応している。domain wallが薄いほどcritical thicknessが小さくできる。
domain wall thickness = sqrt( -J S1 S2) / sqrt D
S1 S2がspin構造によって異なる。

3Q:TI:AF-I=sqrt(3):sqrt(2):1、（逆数かな）

XMCDはH-Mカーブのヒステリシスの差であるが、必ずしもK1の大きさに対応しない。

ref. 

Mauri: AF-F domainwall model

Malozenoff: random field model

Koon: '97: model

Schulthess , Butler : '98: model

Nowak JAP 89, 7269 '01, simulation

Kimm Stamps: APL 79, 2785 '01, 点欠陥

Sakurai: JAP93 8615、面欠陥

Endoh: JPSJ, 30, 1614 

日本応用磁気学会誌, 28, 55 '04,がcritical thicknessをまとめてくれている。

XMCD
Ohltag: PRL91, 017203
Tsunoda JAP101 09E510 '07

Coulomb interaction

Sylvain Landron1 and Marie-Bernadette Lepetit1
The crucial importance of the t2g–eg hybridization in transition metal oxides
arXiv:0706.1453v2


Ab initio evaluation of the local effective interactions in the superconducting compound
Na0.35CoO2 ·1.3H2O
PHYSICAL REVIEW B 74, 184507 2006


なぜscreeningなしでいい値になっているのだろうか。

beta-Na0.33V2O5

beta-Na0.33V2O5    常圧でcharge orderしていて圧力下で超伝導

Naの長周期構造？

tau-(EDT-S,S-DMEDT-TTF)2(AuI2)_{1+y} , y～0.75～0.875

tau-(EDT-S,S-DMEDT-TTF)2(AuI2)_{1+y} ,  y～0.75～0.875

府立大 村田先生

星形フェルミ面？アニオンの長周期構造あり。

I2 I3- in water

F. S. Zhang and R. M. Lynden-Bell

  journal = {J. Chem. Phys.},
  year = {2003},
  volume = {119},
  pages = {6119},

  journal = {Phys. Rev. Lett.},

  year = {2003},

  volume = {90},

  pages = {185505},

wannier interpolation

Ab initio calculation of the anomalous Hall conductivity by Wannier interpolation
Xinjie Wang,1 Jonathan R. Yates,2,3 Ivo Souza,2,3 and David Vanderbilt1
PHYSICAL REVIEW B 74, 195118 2006

Spectral and Fermi surface properties from Wannier interpolation
Jonathan R. Yates,1,2 Xinjie Wang,3 David Vanderbilt,3 and Ivo Souza1,2
PHYSICAL REVIEW B 75, 195121 2007

High-precision sampling for Brillouin-zone integration in metals
M. Methfessel and A.T. Paxton
Phys Rev. B 40, 3616  (1989)

ZnO, ferromagnetism, many possible origins

ZnO, ferromagnetism, vacancy, impurity, c-doped, surface

E.g.,
Surface magnetism in amine-capped ZnO nanoparticles
J F Liu, En-Zuo Liu, H Wang, N H Su, J Qi and J Z Jiang
Nanotechnology 20 (2009) 165702

Zn-vacancy
O-vacancy
c-doped
near-surface O-vacancy
lattice defect

KO2, p-shell magnetism

p-shell magnetism, KO2, orbital ordering

graphene吸着と磁性

2010 春日本物理学会23pGT4
Takai Kazuyuki、榎研究室
graphite端の修飾
電場を掛けてgrapheneに分子を吸着させることもしているらしい。

関連
J. Phys. Soc. Jpn. 73 (2004) pp. 656-663
Theoretical Prediction of Synthesis Methods to Create Magnetic Nanographite
Masanori Maruyama and Koichi Kusakabe1

圧電体⊃焦電体⊃強誘電体

圧電体⊃焦電体⊃強誘電体
分極、自発分極、反転可能

M06L

Performance of the M06-L density functional for a folded Tyr–Gly conformer

Chemical Physics Letters, Volume 485, Issues 1-3, 18 January 2010, Pages 40-44
Jie Cao, Tanja van Mourik

M06LがB3LYPよりTyr–Gly conformerにおいて良い、という話。

OEC, RuO2, MnO2, optimal catalyst

J. Phys. Chem C, Letters 2007, 111, 18821 J. Rossmeisl,*,† K. Dimitrievski,† P. Siegbahn,‡ and J. K. Nørskov
Comparing Electrochemical and Biological Water Splitting

electric field to heme

J. AM. CHEM. SOC. 2004, 126, 11746
Sason Shaik,* Sam P. de Visser, and Devesh Kumar
External Electric Field Will Control the Selectivity of　Enzymatic-Like Bond Activations

BaTiO3、LSDA vs GGA

arXiv:1007.1127v1
Takeshi Nishimatsu, Masaya Iwamoto, Yoshiyuki Kawazoe, and Umesh V. Waghmare
First-principles accurate total-energy surfaces for polar structural distortions of BaTiO3, PbTiO3, and SrTiO3: consequences to structural transition temperatures

BaTiO3,　LDAとGGAとでpotential energy surfaceが違う例。