2012年12月27日木曜日

ssdをdynabook T551にinstall

ssdの動作checkをしようとして外付けdiskの箱に入れてみた。その際diskにMBR(もしくはGPT)をつけないとフォーマットして動作確認ができないが、そのMBRがあるとwindowsがinstallできない。windowsを初めてinstallするにはMBRを含めてdiskをclearしないといけない。clearの仕方はcommand promptからdiskpartを実行し、select diskそしてclean。詳しくはgoogleして。


2012年12月17日月曜日

let's note AX2

netselector3のupdateが出ている。しかし、ファイルの展開できない。使っていないからいいか。

2012年12月10日月曜日

remote repository master以外のbranchからのmerge

備忘録

remoteの設定。
$ git remote add foo  <remote_repository>
remote_repositoryはdirectoryやssh:directoyなど。

remoteの確認。
$ git remote
foo
origin

更新をもらってくる。
$ git fetch foo

remote: Counting objects: 13, done.
remote: Compressing objects: 100% (8/8), done.
remote: Total 8 (delta 5), reused 3 (delta 0)
Unpacking objects: 100% (8/8), done.
From /home/foo/public/project
 * [new branch]      foo -> foo/branchA
 * [new branch]      master     -> foo/master


$ git fetch <remote repository>
ではmasterしかもらってこないのでremote addが必要。

全てのbranchは?
$ git branch -a
* master
  remotes/foo/branchA
  remotes/foo/master
  remotes/origin/HEAD -> origin/master
  remotes/origin/master

masterへ remotes/foo/branchAをmergeする。
$ git merge remotes/foo/branchA
Updating d4e2f0c..7fd7b92
Fast-forward
fileA |    9 +++++++++
fileB   |    9 +++++++++
fileC                  |    9 +++++++--
fileD                   |    6 +++---
fileE            |    8 ++++++--
 5 files changed, 34 insertions(+), 7 deletions(-)

などとでる。merge完了。上の表示はblogに載せるために削ったので表示は変。

remote/fooはどう消す?表示を消すには
$ git remote rm foo
cacheは残るが、そのうち消える。

2012年12月9日日曜日

AX2不具合

suspendなら大丈夫だが、再起動するとマイクが必ずONになる。ー>本体のマイクに接続されハウリングしまくり。マイクをラインにつないだ時だけ有効になればいい。
skype使うので無効にしたくないのだけど、他の人はどうしているのだろう。


2012年11月27日火曜日

またskypeで問題発生

skypeのアカウント統合をどうしようかと思い統合しないでいたら、
今日またskypeアカウント統合に問題が発生している。これはservernの容量不足だろう。

skypeはもうだめだな。

2012年11月22日木曜日

AX2不具合

1.再起動やresumeするとタッピングが必ずonに切り替わる。
追記:これは11/21のpanasonic driver updateで修正。

2.しばらく使っているとtouchpanelの反応がおかしい。

*反応しない。
*ある部分を押しても別の部分を押したかのような反応をする。
保護フィルムが張ってあるそうだが、押すと指の近くの液晶自体が押されているような反応が出ることがある。
*右端を触っても水平方向に右端まで何点も液晶自体が押されているような反応が出る。こういうときは大体touchpadがまともに動いていない。

ipadでこんな事が起きたことはないので残念。

ちょっと使ってみた感じはいいのだけど、本格的に使うと不具合が出る。windowsキーとマウスの操作が主でtouchpanelはおまけなのかな。Let's noteだから大丈夫かと思ったのだが過信だったか。

追記:touch panelドライバの更新がpanasonicから出ている。installしたので様子見。

良い所はsynaptics touchpadのmultitouchがまともに動くようになっている。これがついていた昨年発売のtoshiba PCはmultitouchが変なのでoffにしていた。なおさらtouchpanelでなくてもいいか。


Let's noteのせいではないが、他の人も報告しているとおりskypeがloginできない、skype新規アカウントも「問題が発生しました。」と言われ作成できない。
追記:何をしたわけでもないが後日login可能になった。


右折専用レーンから右折時の事故防止

こういう道で、
                |      |
----------+   +----------

----------      ----------
  右折レーン   右折レーン
----------      ----------


----------+   +----------
                |     |


右折レーン両側に車がいる場合
                |      |
----------+   +----------
    Aレーン
----------      ----------
    → □   □ ←
----------      ----------
    Cレーン

----------+   +----------
                |     |

右折車からAもしくはCレーンが見難くよく事故が起きる。私が知っている場所では事故が起きるのは昼間が多い。夜は車が見えなくても道路にライトが見えるから接近車の存在が分かるからだろう。右折事故防止のために

                |      |
---------Q+   +P---------

----------      ----------
  右折レーン   右折レーン
----------      ----------


---------P+   +Q---------
                |     |
PもしくはQの位置にA、Cレーンが見えるように鏡をつけておくのはどうだろうか。


2012年11月20日火曜日

gnuplot 等倍

2D
set size ratio -1

3D
set view equal xyz

scaleはset view ,,<scale>で調整。

2012年11月17日土曜日

let's note ax2にubuntuを入れる。

Let's note AX2のSDDが128GBしかないため内蔵SDDには手を付けずに外部にubuntuを入れる。

usbメモリーAからubuntu12.04.1を別の64GBusb3.0メモリーBへinstallしてみる。usbAのinstallerは動くがinstallしたusbメモリーBから起動しない。何のエラーメッセージも出ない。ubuntu12.10もtryしたが、installしたusbメモリーBから起動するとfile systemがないとエラーメッセージがでて最後までいかない。

外付けHDDにubuntu12.10をinstall。再起動でディスクエラーが出る、google chromeがinstallできないなど微妙におかしい。外付けHDDにubuntu12.04.1を入れるとbootできて普通に使えている。ただ、外付けHDDからだとwindows8の起動より時間がかかる。SDDは高速でいいね。



linuxでdisk partitionを切るとwindowsでは直せないんだ。



追記:
上で書いたusbメモリーBのせいだった。他の低容量usb memoryでは普通に使うことができた。windowsで物理フォーマットしてからinstallするとubuntuのbootができたが調子が悪い。何度か使用するとdisk errorを起こしboot不可になった。windowsでcheckflashではエラーがでないのだけど。製品名はpicodrive f3。

追記2:
picodrive f3, sx2では起動しなくても、let's note S9ではそのままで問題なくubuntuが起動する。どうやらAX2と相性が悪いらしい。



2012年11月15日木曜日

大型displayに関して思うこと

LED displayの低価格化が進み、大勢で見る為の大型displayでなく、各人机に置いてという使い方がほとんどだと思う。大型displayは脚が長いと当然displayの中心が上へ行く。従って、机が低くないと見上げる形になる。どうしてこういう脚の長さにしたのだろう。見上げるより、見下ろす形にしたほうが首や目が疲れなくていいのはdisplay会社のweb pageにも書いてあるとおりだ。

探すとDELLの23"touch panel displayは見下ろす形にできることがわかったが、touch機能がついていないものは脚が長くてdisplayを見上げる形になる。どうして皆こういう脚が長い商品なのだろう。その方が写真、実物を見せるときに見栄えがするのだろうか。displayの下に何か置きたいのだろうか。空間があれば置き場に「なる」が、displayに関しては下の空間は不要だからdisplayの中心を下へ下げて欲しい。

見下ろす形の方がいいと分かっているのにことごとく見上げる形の製品を作っているのはとても不思議だ。

2012年11月11日日曜日

atom z2760 windows8 tablet

thinkpad tablet2  11.1" 9.8mm 570g 64GB USB2.0x1 microSD
QM55                10.1" 9.9mm 574g 64GB microUSB2.0x1 microSD

atom z2760 ではlinuxのGPUは動かない。
http://www.computerworld.jp/topics/583/204896
http://cpplover.blogspot.jp/2012/09/intelamdapugnulinuxgoogleos.html


linuxは私の趣味だが、上のatomのwindows8 tabletのspecは親のPCを買おうと思って調べてみた。storageが64GBということで分かることは全てipadのように別にmain PCを必要としている仕様であることだ。

親のPCをどう使うか考えてみよう。メールが主で、たまにword、表計算,ができればいいのでCPUはatomで十分。atomならバッテリーも軽くできる。年寄りで目が悪いので液晶は大きく。desktopPCのように必ずある場所へ行って座って使うのではなく、寝ながらでも使えるように軽いtabletで十分。携帯電話のmailのようにいつでもどこでもという感覚にしてあげたい。メール程度ならsmart phoneのようにdisplayの上に仮想keyboardを出せばいい。本格的に文章を書く場合にだけkeyboardは繋げばいい。望むspecは13~14 inch touch panel tablet, 重量700g以下、家から持ち出すことは想定しないのでバッテリーの持ちは連続使用時で数時間で十分、ただし、待っている時は一日程度は持って欲しい、となる。
あと、年賀状作成ソフトも動かないといけない。全く新しいソフトでは使い方を覚えるのが大変なので今までのソフトが動くwindows8の方がwindowsRTよりはるかにbetter。


直接の関係はないが、
Sonyは個人用PCとして新規性を持った新しい商品を訴求しているがその他のメーカーの想定顧客は誰なのだろうか。あるメーカーは女性が設計したという女性用PCを売り出してもいる。実物を見たが、しかしながら、正直どこが女性?という中途半端PCだった。特に女性をtargetにしていないApple,SonyのPCの方がよほど女性受けするだろう。今の時代同じものをつくっていたのでは価格から外国に負ける。AcerやASUSが作れるものをつくるのは馬鹿げている。台湾の物価は日本の半分だ。AppleやSonyのように他を圧倒するデザイン力など何か特徴が要るとはどうして思わないのだろうか。

ただ私はSonyの壊れやすいPCで痛い目に合っているのでSony製は買わない。壊れたら、ちょっと行って家電店まで行って新しいのを買って来る程度の価格、そしてソフトも再instarll不要になるなら話は別だが。

本筋に戻ると、
どこかのメーカーでらくらくホンのように年寄り用にタッチパネルのらくらくwindows8 tabletをatom CPUで作らないだろうか。

2012年11月7日水曜日

ultrabookのCPU mark

scoreはpassmark cpu mark の値
 model                cpu            score     TDP
---------------------------------------------------------------
thinkpad X1carbon i7-3667U (最上位モデル)
                                        4139-3560 17W
lavie Z              i7-3517U 3915-4091 17W
let's note AX2  i5-3317U  3072-2850 17W
dynabook R632 i5-3317U
lifebook UH75  i5-3317U
zenbook UX31A i5-3117U
aspire S7           i5-3517U
vaio duo11        i5-3317U

X1carbonとlavie Zは良いCPUを使っている。


let's note SX2  i5-3320M 3935-3920   35W
lifebook WS2   i7-3520M 4631            35W
上は全て2core/4thread。



参考までにAtomの低消費電力タイプとserver用の最高速は
model               score  TDP
------------------------------------------------------------
atom Z2760     679       1.7W  2core/4thread
xeon E5 2690  32666    135W 8core/16thread



cpu mark値は
http://www.cpubenchmark.net/cpu_list.php
http://compare-processors.com/core-i5-3320m-vs-i5-3317u/5505/
から取ったが、disk,memory構成などによってもscoreは異なるので参考値。
高速なCPU=高clockなので実際は高scoreのCPUはより発熱しているはず。
let's note AX2 11.6"LEDによると3517Uと3317Uとのbattery駆動時間の差は9hr vs 9.5hr。

TDPはintel.comより。

2012年10月30日火曜日

dynabookを修理に出したらHDDからwindowsの再インストールができなくなる。

dynabookのtouchpadがおかしくなる。
→HDDからのwindows再インストール。→治らない。
→東芝へ修理→1週間強でマザーボード交換(と修理明細には書いてある。)して戻る。
→しばらく使用。
→数ヶ月してファンが回らなく異常に熱くなることがあった。→なぜかOSがチェックポイントで戻らない。→HDDからのWindows7再インストール→・・・できなくなった!


修理で一体何をしたんだ!

DVDにOS焼いといてよかったよ。→DVDから再インストール。

次回ファンが回らなくなったら捨てよう。

2012年10月24日水曜日

fatband,gnuplot


set palette model   RGB
set pal def (0 "black" , 1 "red")
plot "txt" u 1:2:3 w l palet lw 2

そのままでは幅が細すぎる。


2012年9月7日金曜日

latex 画像表示メモ


忘れるのでepsとjpgを両方共表示させる場合のメモ。

あらかじめ
$ ebb -x foo2.jpg
としておく。

\documentclass[a4paper]{article}
\usepackage[dvipdfmx]{graphicx}   ! dvipdfmxが重要。
\includegraphics[scale=1.0]{foo.eps}
\includegraphics[width=7cm]{foo2.jpg}

xdviではjpgは表示されないのでdvipdfmxで表の確認。

2012年8月7日火曜日

GRAPEとMIC


GPUCPUと似た取り組みにGRAPEがある。これは天文計算のために、天文を実際に計算する人が作り、1/rや1/r^3の計算が高速にできるよう作ったaccelaratorである。(計算機は四則演算のうち割り算の計算がもっとも時間がかかる。)彼らはこれで大量に論文を書いた。必要に迫られて使う人が作ったacceleratorが実際に役にたったわけで素晴らしい。

Gaussianのacceleratorを作ろうとした人もいた。しかし、物はできたがclockがあげられず、そうこうしているうちに5年位たってしまい、CPUの速度があがり並列計算が当たり前の世の中になり、速度という唯一の利点がなくなってしまった。GRAPEが成功してこちらが失敗した違いは基本的な開発次期の違いと言っていい。GRAPEはPC98の頃からやっておりbusのハードルが低いときから経験を積めたが、busの速度が上がってしまった時にいきなりやろうとして失敗したわけだ。GPUCPUの場合はもともとbusの専門家が作った物だったからその点は問題なかった。

数年後にintel MICが来るがどうだろうか。CPUと接続しGPUCPUのようにcoprocessorとして動かした場合失敗するだろう。失敗する理由はCPUとMICの転送速度の低さである。しかし、CPUと協調させなくてもMIC同士で協調させて動く場合は成功するかもしれない。思い出されるのはhitachi SR8000である。これはPA-RISCをカスタムしてresigter切り替えとfetchなどでpseudovector機に仕立てたCPUを持っていた。このSR8000上にUNIXが乗っていたがこのUNIX front endは絶望するくらいのろかった。しかし、ここで諦めずに気の遠くなるような時間をかけてコンパイルをし計算をさせるととても高速な計算機に変わった。MICも計算は高速だが、通常処理はのろいという計算機として完成するかもしれない。それにしてもAtom processor位の速度で動くのであれば問題はないだろう。


2012年8月1日水曜日

GPU computingと・・・

GPU computingが流行ったことがあったが、一過性のブームだった。GPU computingではlinpackなど簡単なものは性能が上がるが、実際のprogramでは性能が思ったほど上がらない、ということが分かってしまったからだ。

CPUーGPUとつなげてPCを作り、CPUとGPUとを協調させて計算をやらせようとすると、
どうしてもCPUとGPUとの間の転送速度が律速になってしまう。

CPUとGPUとで倍精度で10倍peak性能が違ったとしても、実際はせいぜい3、4倍にしかならない。3,4倍であるならば、GPUで処理をせずに、CPU内のcoreで並列化をすれば十分だし、その方が汎用的なコードになる。
実際、すでに8core以上のCPUが存在するのでGPUを使わない方がかなり速いことになる。CPUだけでPCを作る場合とCPU+GPU(Tesla)とでPCを作ることを考えるとCPUだけの方が価格的にも消費電力的にも利点が大きい。GPUを使うprogrammingの手間も考慮に入れると更にGPU computingの魅力は減る。


もちろんGPUで速くなる計算も存在する。どんな計算かというと、CPUーGPUの転送が少なく、GPU内部で単純な計算を永遠とできる場合だ。そういうprogramの人はGPUを使えばいい。実際、そういうものがそれがもともとのGPUの計算だった。そういう計算のためにできたarchitectureなのだから、高速で当然なわけだ。
ただ、多くの意味のある計算はそういう単純計算とは大きく異なるというだけである。

将来のGPU computingを否定するわけでは無いが、現状では、GPU computingというのはかなり限られたprogramでしか性能を発揮できないという理由から、計算機センターなどで強力にGPU computingを推進するだけの価値も理由も無い。CPU+GPUの構成にするよりも、同じ予算ならばCPUx2にした方がかなり多くのprogrammingでの実際の性能はかなり上がる。
今GPUを使った大きなPCクラスターをもつ大学の計算機センターは単に金と消費電力の無駄使いをしているだけでしかない。

linpackを性能指針としているおバカな評価基準のせいでこんなことが起きているという感も否めない。GPUという実際にはほとんど使えないdopingによって、計算機性能の順位がいくつか上がる。そのためにGPUを入れる。計算機を専門家としている人がそんなことでいいのだろうか。お金をもらってくるために、悪魔に魂を売っているに等しい。

GPUを使うとlinpackの性能が上がることはGPUが出た当初から分かっていた。長崎大学で単精度GPU付きPCクラスターで世界最速になり2009ゴールド・ベル賞を受賞、というのを記憶している人も多いと思う。あの時点でGPUを使えば単精度のpeak性能で世界最速になるということは皆分かっていた。しかし、それは馬鹿げたことだったので誰もやらなかったが、彼らはやった。そして、ゴールド・ベル賞を受賞した。
ここに、問題点がある。彼らの計算は単精度で十分だったのだろうか。彼らは流体計算を行ったということだが、今もその計算を行っているのであろうか。そして彼らは自分たちが行った流体計算の意味を理解したのだろうか。3800万円の計算機はその後どうなったのであろうか。単なるGPU実証のために3800万円は高いではないだろうか。
いずれにしろ、3800万円でゴールド・ベル賞を受賞したわけで、無意味ではないし、実証したということにとても意味はある。それはπを何桁求めたという計算の価値と似ている。πの計算と同様に、メディアでだいぶ宣伝してもらったので長崎大学とその研究者、そしてCPU computingのネタを与えてくれたため関連メディア、そしてその読者にとっても3800万円以上の価値はあっただろう。



計算機にとってlinpackは性能の一面を表すにすぎない。
テストの専門家という人も世の中にはいる。例えば英語のテストを考えよう。英語の実力を評価するのにどういう問題がいいのかということを研究しているわけだ。その研究の知見が、例えば、TOEICの問題を決める参考になっている。
現実的にはGPU dopingでTOP500の順位をあげても実際に利用する多くのprogramでは性能は向上しない、と金を出す人に説明するか、linpack指針に変わるはるかに現実的な評価基準を策定するのが、計算機を専門にしている研究者がすることだろうと私は思っていた。

その後この懸念はちゃんと払拭された。
アメリカでもGPU dopingをした計算機でTOP500の上位に入ったものもあったがK computer, LLNLのセコイアはGPUのdopingのない普通の計算機になっている。2012/6のTOP500の10位までに入っている計算機で中国のもの以外は全てGPUのない普通の計算機である。だから実際の性能では中国のものはずっと下である。




日本にはオープンスパコン、T2Kという計算機仕様があった。いや、今でもある。これで4core x 4cpuで16 SMPまで可能にしてhybrid計算の実証機を行おうとしたようだ。しかし、T2K以外に売りようがないカスタムチップのせいで市価の4倍という高価になり、結果日本の計算機の総core数をだいぶ低く抑えることになった。
またopteronのmemoryがさほど高速でもなかったため、そもそも高速化にtuningが必要だった。どうせ中身はopteronだったのだからT2Kでなく普通に市場にあるものを購入すればよかったのだ。
T2Kにこだわらなければ、東大などの計算機の総core数は当時4倍あったはずだったのだ。筑波大のT2Kは市価の2倍程度だったと自慢していたが、T2Kにこだわらなければ2倍のcore使えたはずだったのだ。

今はT2Kを終わらせて、FX10に移行しつつある。しかし、FX10のopenmp性能の低さはどうするのだろう。T2Kによるhybrid並列の知見を生かして、K computerはhybrid並列必須ということだがflat mpiより数倍性能が低くなる使い方を強制してどうするのだろうか。

T2KそしてFX10、とても高価で総core数が少ないhybrid並列用計算機と、その次に来た総core数は多いがhybrid並列にすると性能の低下が著しい計算機。K computerは外国で売るために作っていたはずだが、このopenmp性能の低さでは外国で売れないだろう。
日本の計算機屋さんに付きあわされて近年の日本の計算機はちぐはぐなものになったという感が否めない。

・・・ということが現在の懸念事項である。

g++がないと言われifortが起動しなくなった場合の対処法。

$ ifort
ifort: error #10001: g++ が存在するディレクトリーを検索できませんでした。
というメッセージが出る。

remote loginする環境を変えると普通にifortが使えたりもする謎のバグ。


対処法:
# export LANGUAGE=C
# export LC_MESSAGES=C
# export LC_ALL=C

2012年7月24日火曜日

PBS array job


$ ls -F
job1/
job2/
job3/
job4/

$ cat run.sh
...
#PBS -J 1-4     --- (captical J)
#PBS -ry
cd ${PBS_O_WORKDIR}
cd  job${PBS_ARRAY_INDEX}
execute the program...
...

$ qsub run.sh
とするとjob1,job2,job3,job4が実行される。qstatはこう見える。

$ qstat
jobid[] ...


jobidは数値。

全てcancelする場合は
$ qdel "jobid[]"
と括弧をつける。

FX10はopenmpの性能が悪すぎる。

hybrid並列がされているあるプログラムをFX10とNehalemで比較。


FX10: frtpx -Kfast,openmp
Nehalem: ifort -O2 -fp-model precise
ifort v11.1.072


                 FX10   Nehalem 
 2mpi 8smp 7:48       2:26 
 4mpi 4smp 4:26       1:42
 8mpi 2smp 2:52       1:39
16mpi 1smp 1:46      1:47


上の時間は実実行時間(date; program; dateと実行させて上と下のdateの時間差)を示す。


Nehalem上だと同じprocess数使うと4smpまではNehalemだとほぼ同じ性能になる。このinputだと8smpだと粒度がやや足りなくなる。このprogramはopenmpの二重並列化がかなりよくできている。


FX10はNehalem/linuxと比べてopenmpの性能が悪すぎる。K-computerはmpi&openmpのhybrid並列が必須というがこんな性能で大丈夫だろうか。flat mpiのほうがよほど速く計算できるだろう。

intel fortran v11.1

今頃v11.1だが
intel_11.1.072未満にはopenmpにバグがあって結果がおかしくなることがよくある。

2012年7月18日水曜日

dynabook故障

購入後14ヶ月で異常発生。
症状:touchpadの左ボタンがon-offを繰り返す。幸いにもdynabookにはtouchpad offスイッチがるので操作は可能。だがいちいちmouseにつなぐのは面倒なので修理。
期間:見積りが来るまで9日。見積り後修理完了して電気屋へ来るまで3日。故障箇所の特定に時間かかりすぎ。
修理:touchpadとmotherboard交換。ほぼ総入れ替え。
代金3万円2千円。
ヤマダ電機の取り次ぎ:~5千円。異様に高い。ヤマダで買ったんだけど。

このPCは使って一週間で電源が入らなくなりmotherboardを交換した過去もあり。

家PC歴
1.toshiba、 裏面のネジが何度も何本も外れ嫌になる。Alps touch padは途中で反応が消失し復活するまで数分かかる。これでは使えないとtoshibaのサポートに文句を言うが故障ではないと言い張る。toshibaのサポートは激悪だった。let's noteのtouch padもsynaptics -> 一年くらいalps -> 再びsynapticsと変わっているのでalpsのtouchpadは何か問題がある(あった)のだろうか。touchpadはどれも同じだと思っていたが以降PCを買うときはAlpsのtouch padで***ない***ことを必ず確認する。
2.sony、 評判は悪いが、店の人が最近はそんなに変でないというので買ってみたが、一週間でtouchpadの左ボタンが効かなくなる。以降ずっとマウスで使う。
3.toshiba, 前回のsonyが外れで、裏ネジが外れるくらいならtoshibaの方が何倍もましと思ったが再びtouchpad絡みの故障。この会社のはもう買わないだろう。そうそう、修理のときサポートに連絡したが対応は前回よりかなり良くなっていた。

相方のはlet'snote:core2とcore i5のと二世代買ったが今まで故障なし。

仕事PC歴
let'snote 三世代買った。core2 duo世代で一度購入直後の発熱異常で修理に出した。販売店はpanasonicのサポートと話て有償になると脅かされたらしい。(購入直後でそんなわけあるか。)私も話をしたが無償修理のはずだという。サポートしては修理に出されると困るからか?結局修理に出す。サポートの二人と話をしたが一人はnormal,もう一人はexcellentな対応。でもnormalの人もtoshibaの人より100倍良かった。無償修理完了まで一週間。以降故障はなかった。


実家PC
vista世代の時sonyを買っていた。恰好はとてもいいが性能は劣悪。cerelon memory 1Gでaddon満載。起動に10分もかかるようなものを製品として売るとは。

私が感じた製品とサポートの優秀さ
sony < toshiba << panasonic

panasonicでlet'snote相当に堅牢な薄いnotebookが出てくれることを期待している。 厚くて嵩張るとそれだけでバッグに入れたとき他の荷物が入らないから。

2012年6月19日火曜日

ubuntu12.04 64bit gfortran 4.6.3

downgrade


$ sudo apt-get install gfortran-4.5

$ ls -l /usr/bin/gfortran*

lrwxrwxrwx 1 root root     12  3月 13 19:05 /usr/bin/gfortran -> gfortran-4.6
-rwxr-xr-x 1 root root 275960  4月 16 05:59 /usr/bin/gfortran-4.5
-rwxr-xr-x 1 root root 357312  4月 15 23:37 /usr/bin/gfortran-4.6



mpif90 -f90=gfortran-4.5



upgrade


gmp,mpfr,mpcなどを入れても
/usr/include/features.h:324:26: fatal error: bits/predefs.h:
と出るので
$ sudo apt-get install libc6-dev-i386
が必要。


つぎに/usr/bin/ld: cannot find crti.o: No such file or directory
と出る。

(sudo ln -s /usr/lib/x86_64-linux-gnu /usr/lib64
は関係ない。)

$ sudo apt-get install build-essential


$ export LIBRARY_PATH=/usr/lib/x86_64-linux-gnu


まだ64bitと32bitでconflictを起こしている。

$ sudo apt-get install  ia32-libs 




 もう一度gccのconfigureからやり直す。

ubuntu12 install後の作業

日本語フォントの修正
sudo apt-get install ttf-vlgothic

synaptic touchpad
$ sudo apt-get install synaptic


画面の明るさが調節できないのを直す

インストールしたはいいものの、[システム設定] -> [画面] からも、Fnキーを使ったキーボードショートカットからも画面の明るさを調節できず、に悩んでいる君に

/etc/default/grub を管理者権限(sudo)で エディタで開く。

GRUB_CMDLINE_LINUX=""
となっているのを
GRUB_CMDLINE_LINUX="acpi_backlight=vendor"
と変更する。

設定を反映させる為
$ sudo update-grub


ref.
http://resourcefulbrain.blogspot.jp/2012/01/ubuntu1010.html

2012年6月15日金曜日

G09 antiferromagnetismの計算法

gaussianのmanualの説明が分からないのでメモを残す。

Mnの基底状態は5/2のspinが立っている状態=片方のspinに対してd電子がfully occuiped=5個ある状態。
Mn2の基底状態は実験的にはspin singletだがsingle Slater determinantの平均場描象ではそれは(5/2, -5/2)とantiferromagneticにspinが立っている状態となる。gaussian09でこれをどう作るか?

2step必要。

1.initial guessを作る

=================

%chk=mn-af.chk
#P UB3LYP/6-31G(d)  test guess(fragment=2,only)


mn2


0 1 0 6 0 -6
Mn(fragment=1) 0. 0. 0.
Mn(fragment=2) 0. 0. 3.5




=================
AFなのでtotalのmultiplicity=1だがB3LYPではなくてUB3LYPにする。multiplicity=1でalpha,beta spinを別々に考える場合はUB3LYP,UPBEなどとUを付ける。
manualにまったく説明がないが、fragment=2は全部でfragmentが2あると言う意味らしい。manualにあるguess=fragmentを書くとエラーになる。

2.guessを読んでSCF計算する。

=================

%chk=mn-af.chk
#P UB3LYP/6-31G(d) scf test guess(read)


mn2


0 1 0 6 0 -6
Mn(fragment=1) 0. 0. 0.
Mn(fragment=2) 0. 0. 3.5


=================

一つにまとめて
=====================

%chk=mn-af.chk
#P UB3LYP/6-31G(d) test guess(fragment=2,only)

mn2

0 1 0 6 0 -6
Mn(fragment=1) 0. 0. 0.
Mn(fragment=2) 0. 0. 3.5

--Link1--
%chk=mn-af.chk
#P UB3LYP/6-31G(d) scf test guess(read)  geom(allcheck)


======================
も可能。logの Mulliken atomic spin densities:はこう出力される。

              1
     1  Mn   5.043444
     2  Mn  -5.043444

たしかにAFになっていてそれぞれのspinは~5/2であることが分かる。


核間距離を3.5Angと固定してferromagneticなstateも含めて結果は
mul                 energy

1: SCF Done:  E(RB3LYP) =  -2301.27591880     A.U. after   17 cycles
5 SCF Done:  E(UB3LYP) =  -2301.49181290     A.U. after  120 cycles
7: SCF Done:  E(UB3LYP) =  -2301.57592080     A.U. after   31 cycles
9: SCF Done:  E(UB3LYP) =  -2301.63960414     A.U. after   18 cycles

11: SCF Done:  E(UB3LYP) =  -2301.73525912     A.U. after   12 cycles
13: SCF Done:  E(UB3LYP) =  -2301.66520115     A.U. after   11 cycles


1(AF): SCF Done:  E(UB3LYP) =  -2301.73519869     A.U. after   11 cycles

最後の1(AF)は上のcomを使った結果。mul=11 (Sz=5/2+5/2)とmul=1(Sz=5/2-5/2)がほぼ同じenergyなのがわかる。なお、CIを考えるとsingletの方がafよりenergyが下がる。(そもそもCIでないとsingletの記述ができない。)

補足

===================
%chk=mn-af.chk
#P UB3LYP/6-31G(d) scf test guess(fragment=2)

mn2

0 1 0 6 0 -6
Mn(fragment=1) 0. 0. 0.
Mn(fragment=2) 0. 0. 3.5


===================
と書くとfragment毎にしか計算が行われない。

logの出力はおそらく一回目はinitial chargeで、その後fragment毎にSCF、今の場合2回、回る。
...
          Condensed to atoms (all electrons):
              1          2
     1  Mn  25.327818  -0.327818
     2  Mn  -0.327818  25.327818
...
 Mulliken atomic spin densities:
              1
     1  Mn   0.000000
     2  Mn   0.000000
...
SCF Done:  E(UB3LYP) =  -1150.86660213     A.U. after    8 cycles
...
          Condensed to atoms (all electrons):
              1
     1  Mn  25.000000
...
 Mulliken atomic spin densities:
              1
     1  Mn   5.000000
     2  Mn   0.000000

SCF Done:  E(UB3LYP) =  -1150.86660213     A.U. after    8 cycles
...
          Condensed to atoms (all electrons):
              1
     1  Mn  25.000000
...
 Mulliken atomic spin densities:
              1
     1  Mn   0.000000
     2  Mn   5.000000

当然だが、  -1150.86660213     A.U.は孤立Mn原子(Sz=5/2)の値と同じ。




2012年6月12日火曜日

ストレスを貯めないための風水

占い部分を含まない風水は生活でストレスを貯めないための指針がある。

基本的な指針は、簡単なことで、できないことを作ってイライラを貯めるなということ。


以下、
凶とはストレスが溜まる、体に害がある、という意味で、
吉とはストレスを貯めない、もしくは発散できる、体に益がある、という意味である。ストレスを貯めない積極的な意味でないことがほとんどだろう。


例えば
ー背中を壁に机に座るのが吉。
どういう意味かというと、例えば、職場で壁に向かって机があると灯りは当然背中側になりdisplayに灯りが反射して見難い。ノングレアdisplayでも見難い。また背中から光が入ると相対的に手元が暗くなる。後者は手元に灯りを置けばいいが、前者は手元に灯りを置いてもやっぱり反射して見難い。反対に壁を背にして窓に向かうと明るくて見やすいし妙な反射もない、という意味である。

背中を壁=後ろ盾ができるから、という人もいるが、背中を壁にした程度で実生活で後ろ盾になる人や組織ができるわけはない。

ー冷蔵庫に磁石でメモをつけるのは凶。
メモが落ちるかもと気にしてそおっと開け閉めしたり、メモが落ちてまたつける手間とかイライラとかのストレスを生活の中に入れるな、という趣旨になる。同じ理由でドアや窓に簡易的な止め方で物を貼るのも止めた方がいいし、風が入った程度で舞ってしまうような装飾品を置いたり、いい加減な壁への物の止め方も凶になる。
机の上に、きちんと整理してあっても重しを置かないで紙を置くのも、誰が窓を開けるか分からないし、自分が窓を開けたい場合もあるので凶となる。

ー槍殺
出入り口から一直線だと風が入って寒い。またドアの外から見られると気になる。
しかし、前者は入り口から10mも離れているような遠い場所では関係ないし、高気密高断熱住宅でもそんなことはないだろう。後者は一人暮らしで外とつながる戸でなければ関係ないことになる。
日本は四季があり、夏はむしろ前者は涼しいかもしれない、しかし、夏に扇風機で風邪を引いたひ人もいると思う。他に手段があるならば直接体に風を当てない方がいいし、冬は完全に凶である。

なお、外から見られるという点では窓と変わらないが戸の方が中を良く見れてしまう。例えばその目隠しに暖簾があるわけだが、人によってはあれは邪魔だろう。また顔の位置に布があるわけで衛生的ではない。目隠しは可能だが、そんなことをやるなら、初めから槍殺でない位置に配置すればいい、となる。

ー色
今年は何色が良いとかあるが、全く意味が分からない。どうして日本国民で同じ色が吉凶なのだろうか。その部分は完全に占いである。

ubuntu12.04, fftw3-3

ubuntu12.04

$ gfortran ... -lfftw3

/usr/bin/ld: cannot find -lfftw3



$ ls /usr/lib/libfftw*
/usr/lib/libfftw3.so.3 ...



=>自分でコンパイル。

2012年5月22日火曜日

linux, openmp使用時のCのrealtime timer


openmp使用時のrealtime timerを試す。

1. gettimeofday() --- 安定してほぼ同じ値を返す。しかし"POSIX.1-2008 marks gettimeofday() as obsolete, recommending the use of clock_gettime(2) instead."(man gettimeofdayより)

$ time ./a.out
thread=2
thread=3
thread=5
thread=4
thread=7
thread=6
thread=1
thread=0
2.003188


real 0m2.007s
user 0m0.044s
sys 0m0.024s

2.clock_gettime() --- こちらを推奨しているが安定しない。値が変。
$ time ./a.out
thread=2
thread=7
thread=4
thread=5
thread=0
thread=1
thread=6
thread=3
7.540382

real 0m2.009s
user 0m0.084s
sys 0m0.000s

$ time ./a.out
thread=1
thread=5
thread=4
thread=6
thread=7
thread=0
thread=2
thread=3
3.323497

real 0m2.005s
user 0m0.052s
sys 0m0.008s


ソース
#include <stdio.h>
#include <unistd.h>
#ifdef CLOCK
#include <time.h>
#else
#include <sys/time.h>
#endif
#include <omp.h>
double second_() {
 struct timespec res;
#ifdef CLOCK
 clock_gettime(CLOCK_MONOTONIC, &res);
 return (res.tv_sec + res.tv_nsec * 1.0e-6);
#else
   struct timeval tv;
   struct timezone tz;
  gettimeofday(&tv,&tz);
 return ( tv.tv_sec + tv.tv_usec*1.0e-6);
#endif
}

int main() {
 double a,b;
 a=second_();
#pragma omp parallel
 printf("thread=%i\n",omp_get_thread_num());
 sleep(2);
#pragma omp end parallel
 b=second_();
 printf("%lf\n",b-a);
 return 0;
}
コンパイル&リンク
$ cc (-DCLOCK) -fopenmp thisfile.c -lrt
ubuntu 11.10, core i7 (4core,8thread)
参考:

2012年5月19日土曜日

2012年5月18日金曜日

突然evernoteのdrag&dropの添付ができなくなる。

問題発生:Chromeで使っているとevernoteの添付ファイルdrag&dropで突然こんなpopupが

添付ファイルは約300kbyteの絵ですから意味不明です。evernoteでなければweb詐欺かと思います。
始めてなので慌てて、容量オーバーかと思って大きなサイズのファイルを消してしまいました。

しかし、「設定」の方からはまだまだ余裕があるのもわかります。

対処:drag&dropでなく「ファイル添付」の方からは添付可能でした。

evernoteが使いにくくなりました。


追記:
2012-05-29 直っていることを確認

2012年5月1日火曜日

ubuntuのアップデートマネージャーでエラーが起きる場合

ubuntuのアップデートマネージャーでエラーが起きる場合
apt-get autoclean
apt-get update
の後に再びアップデートマネージャーから「アップデートをインストール」

pgp keyのエラーが起きる場合も私はこれでいけた。

2012年4月30日月曜日

ルパン列車

町内を走るくしろバス2台と霧多布中央ハイヤーのタクシー2台、それにJR花咲線の1車両にルパン三世のラッピングを施し、2012年4月1日から運行

2012年4月28日土曜日

2012年4月27日金曜日

gnuplot line color指定


gnuplotで
>help plot
とすると
       plot [t=1:10] [-pi:pi*2] tan(t), \
            "data.1" using (tan($2)):($3/$4) smooth csplines \
                     axes x1y2 notitle with lines 5
とでる。しかし、with lines 5ではエラーがでる。

gnuplot 4系ではline colorの指定法は
 with lines lt 5
と仕様変更されている。

2012年4月24日火曜日

メモのデジタル化

kingjim shot note
コクヨ CamiApp
というのがある。値段を調べると高いし、システム手帳用がない。


印がなくても台形・斜め補正をしてくれるカメラがある。リコー デジカメの斜め補正
http://www.ricoh.co.jp/dc/photostyle/knowledge/laboratory/010/
casioの台形歪み補正機能はもう機種ないのか?

スマホで斜め補正+internet連携をするアプリを出したらかなり需要があるハズと思う探すと実際ある。
https://play.google.com/store/apps/details?id=com.intsig.camscanner&hl=ja
http://itunes.apple.com/jp/app/jotnot-scanner/id307868751?mt=8&ign-mpt=uo%3D4
DocScannerなど
しかし、試した結果ipodtouchのカメラでは解像度が低く使い物にならなかった。


scansnap1300も試した。紙のサイズはメモのような変なサイズでも自動的に判定してくれ、そのサイズのpdfを作ってくれる。各ページはOCRで自動的に「上」を判定してその向きに合わせてくれるが、手動でページごとの回転も可能。要らないpageの削除も可能。付属のソフトはよくできている。fujitsu web pageの説明はこのscannerの良さを伝えられていない。しかも、一度に両面scanするので高速。安いコピー機程度の速度はある。大量、もしくはペラペラ紙のメモならばscannerの方がはるかに便利という極当たり前の結論になった。


台形補正するカメラはscannerが使えないwhiteboardや時刻表の撮影には使えるだろう。
evernoteと連携させるのならばメモを手軽にカメラでとるのもいいかもしれない。いずれにしろipod touchのカメラではだめ。

2012年4月22日日曜日

竹をiphoneの簡易拡声器に

http://jp.techcrunch.com/archives/20120420this-speaker-dock-is-made-entirely-of-bamboo-no-electricity-required/?ncid=jpInfoTC
http://www.youtube.com/watch?feature=player_embedded&v=4_nfnQheqnU

2012年4月9日月曜日

約1万年=10m

過去の地震調査の為に「水深約7700メートルの海底15カ所で長さ10メートルの円柱状の機器を打ち込み、過去約1万年とみられる深さ10メートル分を引き上げた。」とニュースにあった
一万年分が海溝付近の深さ10m程度ということは現実的な時間で海底に積もった放射性物質が日本海溝に消えることは無い。

2012年3月22日木曜日

さくらインターネットでlatexのinstall

tetex-src-3.0.tar.gz
tetex-texmf-3.0po.tar.gz
を入れる。mediawikiのためなのでptexは不要。


FreeBSDではncurses,dynamic linkが問題になるようなので

./configure --prefix=$HOME/teTeX --without-texinfo --without-xdvik --with-system-ncurses --without-texi2html -no-shared-libs

とした。他にもconfigure --helpで確認して不要なoptionは削った方がいいだろう。

注)texmfはコンパイルしなおす場合でも作り直さないとエラーが起きる場合がある。

2012年1月26日木曜日

ubuntu 11.10 64bit環境でxcrysden

sudo apt-get install ia32-libs
sudo apt-get install libfftw3-3
sudo apt-get install openbabel
sudo apt-get install imagemagick
その他、
povray liblapack-dev libblas-dev lib-atlas-base-lib mpich2 emacs maxima ruby
ptex-bin xdvik-ja dvipsk-ja git-all gnuplot ttf-takao 
gnuplotはversionによりmultiplotやw lなどにbugがある。

ttf-mscorefonts-installer
ttf-ipafont mysql-server

ref. http://packages.ubuntu.com/oneiric/

2012年1月19日木曜日

nanotube-metal junction conductance

Nakanishi and Ando, JPSJ 69, 2175 (2000).

fujitsu fortran fftw3

九州大学sugokaでfftw3をconfigureするときに問題が起きていた。
fujitsu fortranの方の問題ではない。
sugokaのlinuxがfftw3の標準構成になっていないのでLDFLAGSを正しく取れなく、linkするときにlibm.aがないというエラーになる。(エラーはconfig.logにでている。)

LDFLAGS=-lm
とでもしておくと解決する。

2012年1月7日土曜日

g09 linda と pbs

pbsを使う場合、g09のlindaの設定がやりにくい。

export GAUSS_LFLAGS="-nodefile $PBS_NODEFILE”
というoptionが有効と書いてあるサイトもあるが実際やってみるとEM64L-G09RevA.01ではGAUSS_LFLAGSは有効でないためcomに%lindaworks=を書くしかない。

例えば、(2 SMP+ N linda)/nodeならば
%nprocshared=2
%lindaworks=host1:N,host2:N,host3:N,...
(全core数はg09が取れるので%lindaworks=host1,host2,host3,...とhost名だけ書くとnprocsharedからlinda数/nodeを自動計算する。)
とcomを書かねばならないが、PBSでは$PBS_NODEFILEにhost listが書いてあるのでlindaworkersの書式に直すだけである。

$FILE.com
には
%lindaworkers=LINDA
と書いておいて

PBS用のscriptは
例1、lindaのみでcore数=linda数なら
FILE=somefile
LINDA=`cat $PBS_NODEFILE | uniq | tr '¥n' "," | sed 's/,$//' | sed 's/:$//'`
echo "LINDA=",$LINDA  #---確認で書いているだけ
echo "FILE=",$FILE #---確認で書いているだけ
sed "s/LINDA/$LINDA/"  $FILE.com >temp.com
g09 temp.com $FILE.log


例2、nprocsharedからlinda数は自動計算
例1のままで$FILE.comに%nprocshared=を書く。



例3、linda数をcore数から自動計算しないで2 linda/nodeとしたい。
LINDA=`cat $PBS_NODEFILE | uniq | sed 's/$/:2/' | tr '\n' "," | sed 's/,$//' | sed 's/:$//'  `
:2が 2 linda/nodeの意味

なお、lindaが有効でないOS(x86系以外)で%lindaworkers=を書いてもエラーにならず、logにもlindaを使っているかのような表示が出るが実際はlindaは使われない。